中国全国人大通过“港版国安法”当天，日本召见中国驻日大使孔铉佑，表达“深切担忧”。
日本外务次官秋叶刚男5月28日在外务省召见中国驻日大使孔铉佑，传达日本上述立场的同时，官方长官菅义伟也公开表示，日本将与相关国家合作并妥善应对（香港局势变化）。
但据日本共同社报道，为避免影响日中关系，日方没有在召见中方大使时提出抗议。这反映出，日本与暗示将实施制裁等态度强硬的美国之间存在差距，原因是日本首相安倍晋三重视习近平能否作为国宾访问日本。
安倍晋三当天离开首相官邸时，被媒体问及有关中国强推香港国安立法的问题，但安倍晋三没有发表看法。
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