有报道指，香港机管局建造机埸第三跑道时，需将2007年才启用的二号客运大楼拆卸重建。
机管局周一确认，若三跑上马，二号客运大楼将进行改建和扩建，二号客运大楼预计会在2019年全面关闭。
机管局透露，假如三跑工程如期于2016年初展开，二号客运大楼将于2019年完全关闭以进行扩建工程，届时一号客运大楼的新旅客设施，包括航空公司登记柜台和临时旅游车站等将投入服务，以纾解改建工程所带来的影响，改建后的二号客运大楼预计于2023年投入服务。
斥资28亿元建造的二号客运大楼2007年才启用，投入服务至今才7年多，若在2019年全面关闭，即二号客运大楼启用仅12年就已经要关闭，不少人批评此举浪费。
造价方面，机管局表示，按2010年价格计算，改建及扩建二号客运大楼工程费用约为95亿港元（约8亿元人民币），工程造价已包含在三跑道系统之预计建筑成本为1,415亿港元（约1千2百亿人民币）之内。（责编：胡汉强）