据博讯网称，本次评选采取专家和网友同时提名的方式，共有中国大陆十名著名知识分子和十名旅居在海外的华人知识分子参与提名与评选。在提名期截止时，加上网友提名，共有160位候选人入围。评选的专家、学者、编辑和记者紧紧围绕“2009”、“公共”和“知识分子”三个概念做文章，优先考虑的是那些在2009年的中国各大公共事件中发出自己独立声音的公共知识分子，并侧重那些能够在国内主流媒体上发表声音的知识分子，特别是媒体人、学者。
主办者称，在评选过程中，进入名单的包括多位在中国监狱里的有良知的知识分子，包括黄琦、谭作人、孑木（孙林）、郭泉、黄金秋（清水君）等十多位系狱知识分子，评选委员会对他们致以崇高的敬意，但考虑到他们大多在监狱中，大多不能直接发出声音，故不收入百大公共知识分子名单。刘晓波博士是唯一的例外，因为他起草的《零8宪章》，已成为大多公共知识分子对国家前途的共识。
入选“百大公共知识分子”的广西作家荆楚认为：“是民间与官方的那种所谓的知识分子的一个对抗，我认为民间有勇气、能克服恐惧心理的人多了，那么这些独夫民贼就成为过街老鼠了”。
西藏问题专家王力雄也在入选名单，他说：“对于我来讲，当然我不是特别的在意这种事情，当然我觉得上面也有很多我熟悉的人，这些人确实都是在社会生活、政治生活当中，发出了一些独立的声音，我觉得还是很重要的”。
在中国严控媒体的时代，互联网已成为民众自由表达思想的重要平台，而对于由民间主办的评选活动，北京大学经济学院教授夏业良认为：“民间搞的可能比官方搞的更具有进步意义，因为官方搞的无非是从声名，地位，从那些官方所偏好的价值理念出发，而民间可能更着重于对未来中国所做出的贡献，就是对推动社会进步，对未来中国做出更有意义工作的这样一些人的肯定”。
夏教授表示，民间的评选活动更真实，也更可信：“这种民间的评价是没有功利色彩的，没有官方施加的影响力，也没有世俗的名利的色彩在里面”。
评委还采取了在互联网上搜索文章数量、读者反映以及百度和谷歌搜索结果的方式来做出最后选择。
最近被社科院勒令“限期调离”的张博树博士也在入选名单中，他说：“我觉得这次活动是一种记录，好像博讯自己的说明里面也提到这一点，这既不是一种荣誉，更多的实际上是一种记录，就是记录这一代人，在中国社会转型和民主化进程当中，做了哪些事情，有哪些事情对转型可能是有意义的，这么一个排行榜”。
2009年活跃于中国政治舞台上的公共人物无疑是维权积极分子，包括知识分子、律师、普通市民。张博树认为，这次活动的积极意义在于：“提醒世人，我们还是有一批知识分子，不管他们具体从事什么行业的，还在为我们这个国家、我们这个民族的进步，一点一滴地在做事情，把这些东西记录下来，无论是对于我们今天，还是对于中国的未来，我想还是有益的”。
张博树表示，还有很多优秀的人士没有在名单中，因此：“名单具体有谁没有谁，其实我觉得不是太重要的事，因为一百个人恐怕很难概括我们今天，概括我们这个民族的争取民主化进程，这个民族的力量绝不仅仅是一百人， 我觉得更多的还是一种象征性的意义”。
以上是自由亚洲电台特约记者乔龙的采访报道。
附表：
2009中国百大公共知识分子（按姓氏拼音顺序排列）
A-C：艾未未、艾晓明、北风 毕研韬、蔡楚 陈志武、陈行之、陈维健 长平、陈丹青、陈子明、陈彦、陈奎德、崔卫平
D－H：杜光、丁学良、戴晴、范亚峰、 冯崇义、傅国涌、巩胜利、高战、 高耀洁、胡泳、胡平、贺卫方、胡舒立、郝劲松、韩寒、何清涟
J－L：江平、刘洪波 、廖亦武、卢跃刚、李银河、凌沧洲、令狐补充、李悔之、 李大同、 刘晓波、 刘军宁、龙应台。
M—T：茅于轼、莫少平、潘石屹、秦晖、秋风、冉云飞、十年砍柴、沙叶新、孙立平、孙文广、 邵建、时寒冰、腾彪、童大焕。
W：吴祚来、韦石、王军涛、五岳散人、吴稼祥、吴国光、吴敬琏、王力雄、王康、 汪丁丁、温克坚。
X：许之远、笑蜀、萧翰、徐贲、夏明、信力建、夏业良、徐唯辛、徐友渔、熊培云、许志永、谢泳、薛涌。
Y：杨锦麟、鄢烈山、于浩成、杨建利、野夫、余杰、于建嵘、杨继绳、杨恒均、袁伟时。
Z：章文、张博树、张祖桦、章立凡、周其仁、张鸣、周素子、张伟国、张思之、朱学勤。