因为在“512汶川大地震”后揭露灾区校舍豆腐渣工程的黑幕, 黄琦于2009年6月10日被捕，同年11月，成都武侯区法院以"非法持有国家机密罪"判处黄琦3年有期徒刑，这是该罪名的最高刑期。
黄琦的妻子曾丽在5月1日当晚接受自由亚洲电台记者电话采访时表示，按照中国法律规定，作为妻子她每个月都有权去监狱探视黄琦，但是从去年5月到现在，她已经有一年时间没有见到丈夫，每次的探视申请都被监狱方以各种理由拒绝。曾丽告诉记者，她现在非常担心黄琦的身体状况，因为最后一次见面时，黄琦的身体非常虚弱。
“口部的问题，胸部又长硬块，因为到监狱以后要强制劳动，整个手（部）皮肤溃烂，整个手部都是出血，是烂糊糊的感觉。他说要在车间里接触到一些很有腐蚀性的化学物品。”
曾丽说，她一直希望丈夫能够提前出狱，但是事实证明这只是她一厢情愿的梦想。她表示，这次丈夫能够按期顺利出狱，她就非常心满意足了。
“6月10号那天按照正常的话就应该回来，但现在我们都不知道（他）到底是不是能正常地回来。”
纽约城市大学政治系教授夏明先生一直非常关注四川汶川地震，他参与制作的川震纪录片《劫后天府泪纵横》曾获得美国奥斯卡电影最佳纪录短片奖的提名。夏明表示，有关当局以“非法持有国家机密罪”将黄琦判刑没有任何法律依据。
“他并没有去窃取国家什么机密，而完全是他自己搜集各种信息作出的发布，最后（被判刑）就是很奇怪的一个事情。包括谭作人的事情也是一样的，我觉得从黄琦到谭作人到艾未未，一个最根本的问题在于，因为他们在揭露中国在（报道）地震灾区过程中当中打着的大的宣传形象和话语体系而遭到了报复。”
夏明说，黄琦理应在6月10号释放，但是5月12号是“汶川大地震”三周年的纪念日，有关当局正发动宣传机器紧锣密鼓地进行纪念活动，歌颂四川灾区的救灾工作如何成效巨大，这个时候释放黄琦，无疑是对中国政府的一种讽刺。夏明说，再加上中国最近有包括北京艺术家艾未未在内的一大批维权人士被拘捕、被失踪、被监视拘留，整个时局可谓风声鹤唳，因此，夏明认为中国当局即使按期释放黄琦，恐怕也不会让黄琦真正成为一个自由人.
“两百多人被监视或被失踪等等，（政府）的目的就是让这些人没有办法聚集起来，没办法参与面前的尤其象‘茉莉花’的运动等等。（政府）表面上的说法是为了保护你，所以你们被旅游、被监视居住或被隔离，但是其实是担心这些有感召力的人聚集在一起会掀起一场更大的社会运动。因为中国现在的爆发点很多，我觉得中国政府恐怕不会很轻易地让这些敏感人物，包括黄琦在内，成为真正的自由人。”
今年48岁的四川维权人士黄琦网名难博，1999年和妻子曾丽共同创办了“六四天网”网站。2008年四川“512大地震”之后，黄琦在“天网人权事务中心”的网页上更新发布揭露灾区大量校舍倒塌黑幕的第一手信息，直至2009年6月被捕。
自由亚洲电台记者唐琪薇的报道。