黄琦是在6月10号被成都公安拘押的。18号黄琦的母亲蒲文清专程从内江到成都市公安局武侯公安分局打听情况，被告之黄琦已被正式逮捕：
“我去找他们主要是要他们给我一个说法，他们就给了我一个逮捕通知书。我问他们律师是否可以跟黄琦见面？他们说不能，要两个月以后才能跟律师见面，他说现在还是调查阶段。”
根据蒲文清拿到的逮捕通知书，黄琦被捕的罪名是涉嫌非法持有国家机密罪。代理黄琦一案的北京维权律师莫少平说，由于成都警方还没有与他进行沟通，他现在也不好说黄琦到底涉嫌持有什么国家机密。莫少平还表示，批准逮捕后，按照法律规定，警方有两个月正常的羁押期限。如果公安在这两个月内还没有把案件调查清楚，他们可以延期三次，三次总共可达五个月。也就是说，最迟在七个月之内公安要把黄琦案件移送检察机关进行起诉。
莫少平说，紧接下来他准备再次向成都公安提出要求黄琦取保候审的申请：
“因为他原来是拘留，现在是逮捕。我们会跟成都公安局继续交涉，我们还要求会见他，会交取保候审的申请。因为逮捕后律师有权替他交取保候审的申请。”
黄琦被拘押后不久，他的妻子曾丽在六月底曾经提出过取保候审的要求，但是被公安拒绝。莫少平说，提出取保候审的理由主要有两个：一是黄琦身体有病；二是黄琦出来后不会对社会造成暴力威胁。曾丽告诉本台说，黄琦上次的牢狱生活给他的身体造成了很大的伤害：
“2000年到2005年，他在监狱被打的后遗症是脑积水和脑萎缩。后来我们又去看守所送药，他们也不收。因为他有时会头疼，而且会瞬间记忆丧失，他需要吃药。”
2000年黄琦因为创办争取人权的网站“天网”而被捕，后被以颠覆罪判处5年刑期。这次被捕之前，他为四川地震灾民做了大量的救援工作，并在网上撰文揭露“豆腐渣”工程。黄琦的母亲蒲文清呼吁政府本着人道主义精神，允许黄琦取保候审：
“我希望他们有人道主义精神，对黄琦的病应该正确地进行治疗，最好是保外就医。第二，希望他们正确对待黄琦，他在抗震救灾当中做了大量工作，为灾民解决了困难，为政府减轻了负担，他尽了他最大的力量。黄琦是一个爱国家、爱民族，有爱心的人。”
自由亚洲电台申铧采访报道。