中国卫生计生委、军委卫生局、武警部队卫生局联合进驻武警北京市总队第二医院展开调查。5月4日，北京武警二院全院停诊，有病人家属试图冲入医院，要求退钱。不过，中国军视网发表评论称，中国军队绝对不容抹黑！任何人敢借题发挥、诋毁军队的，必须得到严惩。
中国五一假期，大学生魏则西事件力压海口强拆事件，成为中国网络受关注的第一热点。继中国三大部委组成联合调查组进驻“百度”调查之后，5月3日，卫生计生委、中央军委后勤保障部卫生局、武警部队后勤部卫生局三个部门，联合对武警北京市总队第二医院展开调查。消息透露，调查主要涉及该医院与私人合作，以疗效成疑的手法医治恶疾患者并收取高昂费用等问题。5月4日 早上，医院正门口贴出“停诊”通知，多名保安员站在门口，除该医院人员、病人及探视的亲友，其余一律不准进入。而在医院门外有二十多人聚集，有人称自己或 者家人到医院治病后，不但未见成效，甚至病情恶化，有家属试图冲入医院，要求院方就此作出交代，但被保安拦住。一位患者家属称，家人去年发现肺部患上肿 瘤，在百度搜寻，发现武警二院有适合的疗程，但接受治疗几个月后家人病情恶化不治。
山东青岛居民王先生5月4日对自由亚洲电台表示，没想到军队医院也这么黑：“我看到这个报道，真的很有感慨。原先以为这些医院都是好医院、大医院，什么武警医院、部队医院，觉得技术等各方面都是一流的，没想到这里面是这么黑，都转包出去，而且把人家的命都害了，所以这种医院以后不能去了”。
不过，对于社会舆论一面倒的指责武警医院，中国军视网3号发表评论反击，称中国军队的特殊性，要求所有冠以“部队”名号的单位和个人，都必须无一例外地执行其严谨的纪律性，“部队医院”不会，也不可能游离于中国军队严格的管辖之外。。。。。。任何人也都不能以“魏则西事件”的个案，来“诋毁和抹黑人民军队”。
南京独立媒体人孙林则认为，上述军队媒体的评论是上纲上线，让人感到恐怖：“欲加之罪，在共产党的体制之下，他无所不能。他借助某一个事情上纲，从一个普通事情拉到政治层面。我揭露你错误就是敌对啊。只要你有反对的地方，或者是你有对抗的言论，他立即给你上纲上线，到了政治角度，这个就很恐怖”。
有网民曝光承包武警医院的康新集团2012年的财务总表。爆料人青岛君表示，自己掌握着魏则西事件背后莆田系陈新贤、陈新喜兄弟公司的一手资料，要起底莆田系的记者可以找他索取。
5月3日凌晨，知名资深媒体人、央视评论员王志安转发一条微博，彻底揭开了个别部队医院和莆田系勾结合作，坑害患者的黑幕。尤其是妇产科，其中黑幕让人胆战心惊！据称爆料的图片虽然不是很清晰，但是大概还是能看出西安451医院上至院长政委，下到各个科室的主任，2011年春节一次收受节礼就在30万、5万、2万不等，有名有姓有具体职务。青岛君认为，资料显示的确如王志安所言，建议直接把人抓起来，军纪委一查便知。
随后，青岛君发现，最先揭露此事的微博博主，在回答新京报知名记者孔璞对南京八一医院的质疑的同时，紧接着曝光了南京八一医院的收礼清单。图片放大后可见，该送礼审批表，发生在2012年春节，同样是有名有姓有职务有具体数额，院长政委收贿高达40万和20万，其他副院长和科室主任，也有5万或3万不等。同样，如果此表为真，如此金额，哪一个人也跑不了。微博还称，一个退役武警，给老板做保镖，然后做了分区经理，大字不识几个，一年从分区里的几家医院分红拿一千一百万元。这位博主曝光的康新集团，正是魏则西事件中，承包北京武警二院的莆田民医。
曾经当过特种兵的南京媒体人孙林告诉记者，中国军队有太多黑箱操作：
“军区就是一个黑箱，他在里面所有的操作，没有人能够知道。至于部队里面，相对来说，他的治疗为什么会比一般人可信？部队用钱是无限制的，他可以进口世界上最好的设备，因此他用这些设备去骗人。真正的有医学知识、医术高超的医生，他不会在部队”。
特约记者:乔龙 (责编：石山/吴晶)