马英九补充强调，台湾发展自主国防力量，持续向外购买无法自制的防卫性武器，是必要与不变的政策。
星期天，在台湾庆祝民国99年大典上，马英九以「改革、开创、追求公义」为题发表长达三十分钟的长篇演说。在推动两岸关系方面，马英九表示，近来两岸关系大幅改善，台海紧张情势明显缓和。
马英九首度公开表示，大陆当局最近表达有关撤除飞弹的言论，台湾方面认为对两岸关系有正面的意义，应该尽早实现。不过，台湾安全不能只寄望于两岸关系的改善，因此发展自主国防力量，持续向外购买无法自制的防卫性武器，是必要与不变的政策。
马英九表示，未来也将加强两岸在经济、文化、社会等各个层面的深度交流，累积互信，化解歧见，以维系台海持久和平。他再度重申，中华民国是主权独立的国家，在中华民国宪法架构下，以「九二共识」为基础，开展与大陆的关系，现阶段两岸之间，在法理上不可能「相互承认」，但应以务实的精神，做到彼此在事实上「互不否认」。
马英九还强调，两岸人民同属中华民族，都是炎黄子孙，双方在深化交流之际，希望在国际社会也能扩大合作，避免对立，逐步开启互利双赢的良性循环。台湾已经完全民主化，与对岸签署任何协议，必须受到民意支持与国会监督，政府也将维持「不统、不独、不武」的现状，秉持「以台湾为主、对人民有利」的原则，捍卫中华民国主权，维护台湾尊严。
马英九冗长的演说，还包括政府再造、县市合并升格、国际参与、经济复甦、台湾的竞争力等六个方面。
另外，马英九在星期六还公开呼籲北京早日让诺贝尔和平奖得主刘晓波重获自由，希望大陆当局对内行仁政，并实践政治体制改革；如果刘晓波能获自由，相信台湾人民会非常欣赏。
不过部份舆论抨击马英九未能在第一时间呼籲中国释放刘晓波。总统府发言人罗智强在星期天解释说，刘晓波荣获和平奖，马英九总统已在第一时间表达祝贺，也呼籲中国大陆以宽宏气度对待刘晓波等异议人士，呼籲中国大陆让刘晓波恢复自由的意义已是相当明确，但两岸关系不同于美欧与中国大陆的关系，在重大议题上必须建立稳固的论述，因此，马英九总统在隔日进一步亲自具体说明对于刘晓波获和平奖的看法。罗智强强调，这样的稳健是必要的。
自由亚洲电台胡汉强台北报导