中国当局一项管理在中国的境外非政府组织的草案引起数十个国际非政府组织 、外国商业协会及外国政府的批评，他们担心该规定将会限制在慈善以及教育交流等活动。
据英国《金融时报》中文网6月2日报道，《中华人民共和国境外非政府组织管理法（草案二次审议稿）》
的公众征求意见将在6月4号结束，其中最具争议的是，让中国公安部监督此前与民政部合作最密切的非政府组织（NGO）。审议稿要求，在中国大陆的境外非政府组织必须有中国官方的“业务主管单位”，必须在每年11月30日以前提交下一年计划开展活动的清单，同时要经过业务主管单位批准；违反规定，可能会令境外非NGO及其在中国的合作方受到刑事处罚。
报道援引香港中文大学社会学家、公民社会专家安子杰的话说，“这一法律读起来令人害怕。它可能会从根本上改变外国NGO的在华运作方式。” 中国公安部和民政部都拒绝对此事置评。在中国大陆的欧盟商会 (European Chamber of Commerce in China) 对中国当局这项做出了罕见的公开表态。欧盟商会表示，该规定可能会影响许多组织。欧盟商会的成员国 “依靠（这些组织）进行信息共享、研究、市场开发、创新……（以及）企业社会责任活动”。
中国欧盟商会主席伍德克 (Jörg Wuttke) 表示：“境外NGO的管理负担及相关成本将显著增加。境外NGO会发现留在中国的吸引力远不如从前，这一方面会使中国市场失去重要的催化剂，另一方面则会使国际企业失去可信赖的合作伙伴。” 欧盟驻中国代表团发言人表示，作为中国最大的贸易伙伴，欧盟“非常关心这一法律草案”，因为此项立法关于NGO的构成及活动的定义都很模糊，也没明确NGO可以在哪儿展开工作和设立分支机构。
据外交人士表示，至少有两个西方驻中国使馆尝试向中国公安部递交正式外交信函，或进行外交交涉，以强调他们对此事的担忧。但中国公安部拒绝接受这些信函。在北京的外国外交人士表示，他们的大使馆正准备与中国全国人民代表大会以及其他政府决策部门进行外交交涉。该规定的生效将由中国全国人大决定。有专家表示，中国全国人大可能会设置“例外条款”，将外国大学和商业机构从这一新立法中豁免。
中国非政府公益组织“北京益任平中心”的总协调人陆军对此表示：
“从这项新法案的文本可以发现，该法律总体就是在给在中国运作的NGO设限。该法中共有24处用了“不得”这个词。而且，根据该法案，在中国运作的外国NGO必须有中国官方的‘业务主管单位’。总之，基于该法是由中国公安部主导撰写和通过的，这说明，中国政府目前把NGO看作是对中国安全的威胁。”
《金融时报》的报道说，不论是中国NGO还是外国NGO，他们大多数都不愿公开谈及这一争议。但许多人表示，这一争议反映出执政的中国共产党正在开展一场更大规模的、旨在根除“境外敌对势力”的运动，以此来达到消除中国公民社会中的不满迹象。
中国政府在出台新法案针对外国NGO进一步加紧控制的同时，中国独立公民团体、特别是那些从事有关劳动者权益、法律宣传和反艾滋歧视等有政治风险工作的人来说，目前则是一个危险时期。美国《纽约时报》的一则有关报道说，长期以来，这类团体一直在中国界定模糊且不断变化的官方容忍范围内艰难求存，但它们也成了致力于社会事务的公民的港湾。然而，在习近平的领导下，共产党大幅度收缩了可容忍的活动范围，让外界担心，在极具约束性的中国总体政治生态中，这些拥有更高开放度的小领域可能很快便会消失。而那些批评政府政策，或是不利于政府形象的非政府机构，则遭遇了遏制性甚至毁灭性的对待。
报道说，政府近来已对多个组织采取了行动，这些包括反对歧视乙肝患者的团体、乡村图书馆组成的志愿者团体等。报道援引在广东省深圳市专门从事制造业劳动权益的机构“深圳市春风劳动争议服务部”负责人张治儒的话说：“草根组织的压力从未像现在这么大。他说：“政府就想让我们消失。”
旅美中国人权活动人士刘青表示，在中国真正意义上的非政府独立民间组织不仅数量很少，而且很难长期生存：
“在中国，几乎不存在真正意义上的非政府组织，因为当局强迫所有民间组织与政府机关挂钩才能注册。一般来说，NGO的存在有两个功能：一是为老百姓提供救助和帮助；而另外一个就是监督政府。中共把NGO提供救助和帮助看作是与自己抢民心；而中共更不会允许民间组织来监督自己，否则那不是造反了吗？”
据中国国务院网站转载的《中国日报》文章称，约有1000个海外非政府组织在中国设有分支，另有多达5000个海外非政府组织在中国设有临时项目。
（记者：希望； 责编：嘉华）