据中国国家安全生产监督管理总局网站消息，“东方之星”号客轮翻沉之后，党中央、国务院成立事件调查组，决心彻底查明事件原因。调查组由国家安全监管总局局长杨栋梁任组长。
中国官媒中新网6月10日的报道说,重庆东方轮船公司所属的"东方之星"号客轮翻沉之后,李克强总理在6月2日举行国务院搜救工作指挥部会议上就决定,成立国务院"东方之星"号客轮翻沉事件调查组,彻底查明事件原因,给遇难者家属和社会公众一个负责的交代。
调查组由安全监管总局局长杨栋梁任组长,成员包括交通运输部、工业和信息化部、公安部、民政部、水利部、中国气象局、湖北省和重庆市有关负责人,并聘请了国务院应急管理专家及国内气象水文、航运安全、船舶设计制造、水上交通管理和信息化、法律等方面20多位权威专家,组成60多人的调查团队展开调查。
报道说，连日来，国务院调查组先后与生还旅客、船长和船员，船舶企业负责人、船舶设计建造改装人员、同水域相邻船舶有关人员和目击者、地方海事部门和交通运输部有关部门、旅行社等相关人员进行了详尽细致的谈话问询，已形成谈话笔录200多份共50余万字；
调查组还对事发区域两岸风灾区进行了实地勘查，调取了事发时气象、多普勒雷达监测资料，综合分析了气象卫星、天气雷达、闪电定位和地面自动气象观测等资料以及专家现场调查结果，科学研判事发时天气状况。另外，调查组正在查阅的方面还包括船舶资料。专家登船对驾驶室等重点部位进行勘查拍照，调取了船载GPS终端、视频监控资料等关键物证，并联系信息化等方面专家进行恢复读取，了解掌握船舶失事前的航行、驾驶以及遇险应对处置等情况。
据法国国际广播电台中文网6月8日的报道说，“东方之星”船难调查的争议目前聚焦在事发时是否真有龙卷风。越来越多的分析质疑东方之星船难很可能根本就是人为造成，因为除了东方之星轮船经历违禁改造之外，船难时现场根本没有龙卷风，船长操作失误的疑点越来越大。
报道还说，事故发生3个多小时后，长江干线水上搜救协调中心才接到“东方之星”客轮翻沉的报案。调查人员目前试图查出事发前是否有天气预警、为何当时其它船只选择拋锚而“东方之星”却选择续航等疑问。而除了是否有龙卷风的疑问之外，目前人们还质疑“东方之星”是否涉嫌违章改建，造成轮船重心失衡。但到目前为止，官方坚持说，东方之星曾在1997年、2008年两度改装，但建造、改造、变更载客量时，都进行完整稳定性计算校核，结果均满足船舶检验技术要求。
海外中国学者廖然说，目前有关报道说，该客轮改建后呈“头重脚轻”状况导致了翻船，人们想知道，该客轮是如何通过质检的：
“这件事恰恰发生在习近平主持召开的公共安全会议结束第二天，就好像是给中央脸上打了一个耳光。据说习近平主席很动怒。这件事发生后媒体报道说是龙龙卷风造成的，但后来的报道却说，该客船曾被改造过，造成头重脚轻，很容易翻沉。人们想知道，该客船被改造后是怎么通过质检的？”
廖然还指出，当局对待死亡人员亲属方面显示出了要控制他们聚众的倾向：
“当局对这样的事件总是怕媒体炒作，就干脆禁止媒体报道，只允许新华社发通稿。此外，当局对遇难人员亲属控制也很紧，我看到很多照片中遇难人员家属烧香或在江边等候时，每个人身边都有好几个士兵。”
中新网的报道强调, "东方之星"客轮翻沉涉及因素很多,原因极其复杂,必须通过科学的鉴定论证,必要的模拟实验,才能最终确定。
旅美中国学者刘青就此表示:
“其实，“东方之星”翻沉事件与韩国前些时候的“世越号”翻沉事件很相似。但是，两国政府处理事件的态度和方式就完全不同。中国政府从一开始就撒谎，控制信息；而韩国政府从一开始就确定，船长和其它人员对事故负有责任。”
据《北京青年报》6月9人报道，“东方之星” 客船翻沉事件前方指挥部透露，截至6月8日，客船遇难人数升至434人，生还者14人，目前失踪人员还剩8人。
（记者：希望；责编：嘉华）