Chẩn đoán ban đầu cho thấy linh mục Nguyễn Văn Lý bị nghẽn mạch máu não. Trước đó , bà Hiểu, một thân nhân của cha Lý, cho biết một người cháu trong gia đình được phép ở lại bệnh viện để chăm sóc cha Lý.
Nói chuyện với phóng viên Đỗ Hiếu đài Á Châu Tự Do vào buổi tối thứ Ba, một người cháu khác của cha Nguyễn Văn Lý là ông Hoàng cho biết tin mới nhất:
"Ngài b ị hôm th ứ B ảy, 4 gi ờ sáng , sau khi h ọ phát hi ện đ ược thì b ị li ệt n ửa ng ười, nh ưng mà đ ầu óc v ẫn t ỉnh táo, v ẫn nói chuy ện đ ược, không b ị méo mi ệng , ch ỉ có tay v ới chân bên ph ải b ị thôi. H ọ khám th ấy v ậy thì h ọ quy ết đ ịnh đ ưa ra ngoài b ệnh vi ện 18 tháng 9 c ủa B ộ Công An.
Ra đó h ọ đã chăm sóc và c ứu ch ữa. Đ ến hôm nay, tr ước khi tôi vào thì Ngài đã t ự nh ấc chân lên kh ỏi m ặt gi ường c ỡ h ơn 20 phân, tay ph ải cũng v ậy. Th ấy là có ti ến tri ển, hôm qua thì y ếu h ơn. Đ ến bây gi ờ m ỗi ngày h ọ chuy ền n ước bi ển, bác sĩ tr ưởng khoa đã t ới khám, y sĩ thì m ỗi ngày t ới chích và cho u ống thu ốc .
Th ấy cách đó thì h ọ cũng t ận tình c ứu ch ữa. Hi ện t ại ngài ở đó thì có phòng riêng, có 5 ng ười công an canh gác. Tinh th ần ngài thì v ẫn l ạc quan vui v ẻ, cũng nói chuy ện c ưới t ếu v ậy, ăn u ống thì đ ược. Ngài cám ơn t ất c ả bà con b ạn h ữu đã quan tâm lo l ắng cho ngài."
Năm 2007, linh mục Nguyễn Văn Lý bị toà Việt nam tuyên án tám năm tù và năm năm quản chế vì lời kêu gọi tự do tôn giáo , một hành động bị coi là tuyên truyền chống phá nhà nước.