Các sai phạm chủ yếu vẫn liên quan đến vấn đề thu chi đất đai như: miễn giảm thuế sai quy định, ban hành giá cho thuê đất, thu tiền sử dụng đất sai quy định…
Ngoài ra, một số bộ như Bộ Công Thương, Bộ Giáo dục Đào tạo đã thu học phí vượt mức quy định, trong đó, Bộ Công Thương thu vượt mức 146,5 tỷ đồng; Bộ Giáo dục Đào tạo thu vượt mức 59,1 tỷ đồng.
Thêm vào đó, các khoản chi ngân sách nhà nước ở các tỉnh thành đều vượt dự toán thường xuyên. Nhiều doanh nghiệp kê khai thuế không đầy đủ, sử dụng đất không đúng mục đích, không theo quy hoạch.
Kiểm toán nhà nước đề nghị xử lý tài chính 21,7 ngàn tỷ đồng và yêu cần các bộ, ngành, địa phương phải kiểm điểm, xử lý sai phạm.