Ba đặc khu kinh tế bao gồm Vân Đồn (Quảng Ninh), Bắc Vân Phong (Khánh Hòa) và Phú Quốc (Kiên Giang) được Chính phủ đề xuất chỉ có trưởng đặc khu điều hành mà không có Hội đồng Nhân dân và Ủy ban Nhân dân.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội, vào ngày 11 tháng 9, lần đầu tiên cho ý kiến về dự án Luật đơn vị hành chính-kinh tế đặc biệt hay còn gọi đặc khu kinh tế và dự án Luật này sẽ áp dụng đối với 3 đặc khu kinh tế vừa nêu.
Chính phủ đề nghị mỗi đặc khu sẽ chỉ có một trưởng đặc khu điều hành và quản lý toàn bộ các hoạt động hành chính, kinh tế, xã hội của đặc khu; đồng thời có các cơ quan chuyên môn và bộ máy giúp việc cho trưởng đặc khu.
Tại buổi lấy ý kiến lần đầu tiên của Ủy ban Thường vụ Quốc hội vào ngày 11 tháng 9, Chủ nhiệm Ủy ban pháp luật của Quốc hội, ông Nguyễn Khắc Định đại diện cho nhiều nhân viên của cơ quan đưa ra ý kiến quyền hành của một trưởng đặc khu như thế do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, mà không có cơ chế giám sát quyền lực ngang cấp thì dễ dẫn đến tình trạng lạm quyền, mất dân chủ.
Dự án luật đặc khu kinh tế sẽ được trình Quốc hội tại kỳ họp cuối năm 2017.