台湾中华民国行政院发言人徐国勇8月14日证实，今年底将裁撤蒙藏委员会，相关业务及人员移拨到陆委会及文化部。徐国勇指出，行政院未编蒙藏委员会107年度预算，预计在总预算案送出前，将先把废止“蒙藏委员会组织法”送立法院审议。
总统蔡英文去年10月主持执政决策协调会议，行政院提出「两阶段组改」的规画，第一阶段处理共识性较高的部分，其中包括裁撤蒙藏委员会。徐国勇表示，蒙藏会的裁撤已在99年修正的行政院组织法当中明确规定，107年未编列预算，年底前将裁撤。
中国官方媒体报道说，大陆国台办发言人安峰山表示，大陆对台湾方面的内部调整不做评论，但是坚决反对借内部调整为名去搞去中国化的“台独”分裂行径。
较早前，中国台湾研究会研究部主任严峻表示，在陈水扁当政时，民进党当局就有意裁撤“蒙藏委员会”，将此作为其“去中国化”的一个重要步骤。这次蔡英文当局借内部组织架构调整之名，再次启动裁撤“蒙藏委员会”，依然是想走“去中国化”的老路，这与其拒不承认“九二共识”、“两岸同属一个中国”的立场是相联系的。显示中国大陆官方对台湾裁撤蒙藏委员会持负面态度。（责编：石山）