在台湾，国民党立委陈学圣召开记者会提出质疑说，至少三名前中央研究院学者赴大陆任教后“被请辞”，蔡英文政府若不厘清规定，一旦通过《中共代理人法》，将在台湾学界引发白色恐怖。
蔡英文政府准备在九月中旬立法院新会期开议，全力推动 《中共代理人法》立法。国民党立法委员陈学圣10号召开记者会，担心此法一旦通过，在中国大陆任教而未报备的学者，会否因此被入罪？
陈学圣质疑，台湾最高研究机构、中央研究院前研究员刘孔中因为前往中国人民大学任教，被中央研究院辞去中研院兼职研究员。中研院依据政府的规定，居然收到三种版本的说法。
禁止？个案认定？自行判断？立委质疑法律依据何在
陈学圣说：“你看这变化多大，从禁止，到最后个案认定，最后变成是你中研院自行判断。那中研院当然会害怕到底你陆委会想的是什么？就我们了解，被请辞兼任研究员，在中研院类似的情况不只一桩，最少有三桩以上。”
陈学圣质疑，目前《台湾地区与大陆地区人民关系条例》（简称：两岸人民关系条例）规定，不得担任中国大陆党校、军校的任何职务，但如果是到党校、军校以外的学校任教或任职，是否被允许？是否需要报备？台湾学生在大陆这些学校担任助理是否被允许？是否需要报备？会不会未来《中共代理人法》立法通过，这些在大陆的学者和学生因此触犯法律？
陈学圣说：“因为到底你去是单纯教学？还是单纯地只是去做助教？每一个个案都要认定，因为依法是要认定的。民进党把两岸关系紧缩以后，就会产生学术界的恐慌，这是我们担心的事情，因为一不小心，你就踩到法律红线。”
与会的教育部代表林时英说：“我们教育部的立场，一个是学校的，一个是一般国民。如果是学校，不管是公立、私立，当然都会有一个报备的动作。那一般的国民，我想我们教育部没有哪一个法令限制我们国人到不论是大陆或其他国家，要做什么事要跟我们报备。”
教育部指出，台湾人民在中国大陆地区一般学校担任教职，并无违反规定，但不能涉及《两岸人民关系条例》禁止的职务，例如担任中共党校或中共军校的任何职务。
至于学者到中国大陆一般学校任教之后，是否能继续在台湾的学校兼职？教育部表示，依照《专科以上学校兼任教师聘任办法》，学校聘任兼任教师，是教师与学校缔结的私法契约，教育部目前没有对这类学者的本职或兼职，有相关限制和规范。
主管两岸事务的大陆委会员法政处副处长何达仁在记者会上表示，中研院刘孔中的个案，是因刘孔中在中国大陆有专任职务，并在台湾有兼职工作，这其实不属《两岸条例》的适用规范；陆委会一向的立场是，对于中研院参照《两岸条例》精神做出人事职权判断，陆委会尊重。
陆委会声明:台湾人赴陆任职 与中共代理人立法无关
陆委会10日晚间则以书面声明方式强调，台湾人赴陆任职，是涉及两岸条例第33条的适用问题，与中共政治代理人相关立法完全无关。
陆委会表示，中共政治代理人相关修法草案，究竟应采取登记制、禁止制或揭露制，目前尚无定论；政府仍在持续听取学者专家及社会各界的意见，未来将待社会意见整合及共识建立后，再作更周延妥适的立法。
陆委会并指，依现行陆委会公告的规定，中国大陆党校为党务系统，各军事院校为军事系统，国务院及各部委、各级人民政府所属学校，都属政务系统。至于担任何种职务构成违反两岸条例第33条规定，须依个案具体事实，来判断是否属名誉性、非常态性、兼任性、学术性，及有无固定薪资等标准，并衡量是否涉及禁止公告3原则而定。
陆委会称，台湾人担任中国大陆党校、军校以外一般学校的单纯教职，陆委会及教育部等相关机关已多次讨论，基于维护国家安全并兼顾学术自由及工作权的立场，多数机关目前研议认为尚不违反规定，但尚未经正式会商确认，所以未对外公开说明。
陆委会也强调，有关个案的认定，是由各主管机关负责，针对实务个案，该会都会同各主管机关以一致标准依法行政，并持续检讨相关政策，以期兼顾国家安全、学术自由及人民工作权的保障。
陆委会还说，中央研究院和各国立、私立大学的研究人员选聘资格条件及认定，是各机关学校的人事职权，并非两岸条例适用范围。
自由亚洲电台记者夏小华 台北报道 责编: 陈美华、申铧 网编：瑞哲