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吕秀莲本人在星期四立即作出回应。她强调，三一九枪击案相关疑点的答案都在她的书中，若要“真相大白”，特侦组需全面清查、积极办案。
吕秀莲还不忘替陈水扁辩护，说有人批评前总统陈水扁自导自演，她不相信。因为在枪击案发生前，她与陈水扁两人站在车上还有说有笑，没有人愿意拿自己生命开玩笑。
吕秀莲强调，她是受害人，也仔细看过三一九枪击事件的相关调查报告及照片。她也认为陈义雄不是唯一的凶手，监察院“要推翻别人前，要拿出更多证据。”
陈水扁办公室也在星期四下午发表两点声明。强调陈水
扁是三一九枪击案的受害者,长期遭国民党诬指三一九
案是"自导自演"。马英九政府上台后,曾信誓旦旦表示将重启调查,但至今无任何进展及结论。
陈水扁办公室表示，监察院应进一步调查法务部及特侦组迟迟无法破案，是否有任何人为疏失或政治动机，并督促相关单位早日厘清疑点，以昭公信。
陈水扁办公室认为，监察院在提出相关疑点时，对当时相关当事人的责任归属也应一并叙明，若只为了达到清算斗争陈水扁的目的，而选择性放话，完全丧失监察院应有的功能与角色。
民进党台北市党部主委黄庆林，也向媒体转述陈水扁本人对监察院的三一九枪击案调查报告的看法。他说陈水扁认为，自己并不是开枪的人，不知道枪击目标是谁。他无法判断第一枪目标到底是否要枪击前副总统吕秀莲。
以上是自由亚洲电台特约记者胡汉强台北报道。