陈元与朱镕基的师友情谊始于上个世纪七十年代末中共政权恢复高考同时也恢复了研究生培养制度之后。当时，中共决定由胡乔木出面在中国科学院哲学社会科学学部基础上组建中国社会科学院，其中的工业经济研究所是在陈云的特别关照下从无到有，首任所长马洪更是陈云亲自点的将。这位马洪青年时代本是薄一波在山西领导的牺盟会的骨干之一，被派到延安汇报工作时受到时任中共中央组织部长陈云的赏识，陈云将他当时使用的化名牛黄改成了马洪。
抗战胜利后陈云被派往东北，当时已经被称之为党内青年经济学家的马洪随之前往。陈云离开东北后，马洪因为参与主持当地工业经济建设恢复工作的需要被高岗留在东北局参加由高岗亲自兼任主任的东北人民计划经济会员会的筹建工作，当时进入这个委员会的还有刚刚从清华大学毕业后被中共北平地下党推荐前往的朱镕基。一九五二高岗以中央人民政府副主席身份主持筹组中央政府计划经济委员会并兼任主任职务，马洪、朱镕基以及当时在东北局总工会担任副主席职务的宋平等人被高岗调入中央计委。马洪出任了秘书长职务，成为高岗的第一助手，朱镕基则以秘书长办公室负责人身份直接服务于马洪。
高岗受毛泽东暗算呑枪自杀后，马洪被毛泽东点名为高岗的“五虎上将”之一，日后被长期下放在基层工业经济部门工作。
一九七八年马洪奉命组建社科院工经所并出任社科院副院长兼工经所长后，立刻将已经在石油部工作的朱镕基重新招回自己门下，委以该所的第一个研究室工业经济研究室的主任职务。与此同时，陈云长子、“文革”中从清华大学自动化专业毕业的陈元成为该所招收的首批硕士研究生之一。一九五七年被打成右派之后也被宣布开除党籍的朱镕基正是在马洪和陈元等人组成的工经所党支部内被宣布恢复党籍的。
朱镕基在工经所任职、任教的时间并不长，随后即被时任国务院副总理兼国家经委主任康世恩从马洪门下强行挖走。因为当时马洪即使把朱镕基立刻提拔为副所长，也不过相当于国务院系统的副厅局级，但康世恩手的国家经委却可以令朱镕基从副局长到正局长再到副主任一路升迁上去，所以马洪也乐得让当时才五十岁出头的朱镕基仕途广阔。
在工经所期间，朱镕基以研究生导师和清华学长的身份与陈元之间建立了良好的私人情谊，陈云当时身体状况还好，时常会让陈元通知马洪等党内经济专家上门或清谈，或讨论具体经济政策，而马洪每次都会带朱镕基同去。朱镕基到经委工作之后，也仍然还是陈云和陈元父子的常客之一，当时的陈云对国务院经贸系统的情况了解，根本不用通过康世恩及他的继任，朱镕基的情况反映一直都被陈云认为是言简意赅，说得明白。
一九九一年朱镕基被从上海市委书记位置上调任国务院副总理之后，海内海外人人都相信就是邓小平拍板的结果。话是不错，但当时在邓小平在自己已经于党内“沉痛承认”胡耀邦和赵紫阳两任接班人都选错了，本人因为把党中央军委主席职务已经在一九八九年十一月份交给了江泽民并因此被中共官方媒体公开对外宣布“完全退休”的前提下，怎么可能在不征得当时还是中央顾问委员会主任的陈云的同意就擅自任命一个国务院分管经济工作的副总理，要知道当时被朱镕基顶替工作的姚依林一直都是陈云幕后掌控国家经济命脉的第一代理人，仅因此，如果邓小平当时提名的不是一个让陈云中意的国务院经济副总理人选，是不可能最终进入任命程序的。外界更有所不知的是，岂止是一九九一年被任命为国务院副总理，就是一九八七年中共十三大后被决定调任上海市长的朱镕基，也是首先得益于陈云对他的特别器重。
如今早已经对外公开的赵紫阳生前留下的谈话录音内容已经证实，当时的赵紫阳及所有在前台工作的政治局常委们也好、书记处书记们也好，对重要的人事任免是没有决定权的，赵紫阳先生的原话是：重要人事问题不是我这一层所能定的，耀邦时也是如此。有时连参与意见的机会也没有。“六人小组”也没有决定权。他们只能到几个老人那里听取意见。小平、陈云两人达成一致意见以后就能定下来。
另外，上个世纪八十年代里中共政权组织系统的潜规则之一就是省级主要领导任命要根据党内元老的势力划分范围分别听取他们的意见甚至干脆就是由他们亲自决定，比如广东是叶家父子说了算，湖北是李先念说了算，万里因为主政安徽有功所以对安徽省有话语权，新疆自治区和新疆农垦兵团都是王震说了算，陈云则是牢牢掌控着自己的家乡上海直到去世。
曾担任过中宣部文革委员会主任和中央党校理论研究室副主任的阮铭先生曾撰文指出:“邓小平在南巡讲话中说,没有把上海及早开辟为象深圳那样的特区,是他的一个失误。其实他的这个检讨并不实事求是。上海的并未开辟为像深圳那样的特区,并非由于邓小平的无意的疏忽,而是由于陈云蓄意的抵制.......当时的上海是国营经济的巨镇,中共财政收入的重要来源。陈云要控制住他那个计划经济的鸟笼,必须首先抓牢上海这个笼把。”
据此，我们有理由相信当时的朱镕基被派往上海，既不是赵紫阳的率先提议，也不是邓小平的“慧眼识珠”，而是陈云认为朱镕基的经济管理，特别是工业经济管理的理论和多年实际工作经验是执掌上海市府的难得人选。进一步分析下去，假设没有“六四”事件的发生，江泽民应该会在上海市委书记位置上坐到一九九二年中共十四大召开为止，而朱镕基则应该是把上海市长的位置坐满一个整届后回到国务院系统，升任分管经济工作的副总理，至少也会是国务委员。
一九九一年朱镕基奉调国务院主管经济工作之后，正是时任央行副行长陈元出主意让他亲自兼任央行行长，取代了“外行领导领导内行”的李贵鲜。朱镕基兼任央行行长之后，陈元被从第二副行长位置上又前进一位，成为党组副书记副行长。
日后朱镕基接替国务院总理职务之后，设想让陈元出任央行行长的计划因为陈元的落选中央机关党代表而阻力重重，于是，干脆另起炉灶的陈元筹组的国家开发银行在政策和资金等方面有朱镕基鼎力支持，组织架构上有江泽民的正部级机构的特许，成了国务院属下的一个地位最为特殊的金融独立王国。
有接近陈元的人士透露说，对邓小平和陈云身后的这几届中央领导主要领导人，陈元打心底里敬重有的只有两个，一个是江泽民，一个是朱镕基。至于他最看不上的也有两个，一个是温家宝，一个是已经去世的黄菊。前者是因为对陈元国开行事业支持的力度不够，后者是因为“外行领导内行”。
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