90% khối lượng chất thải rắn trong sản xuất nông nghiệp chưa được xử lý gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng.
Theo số liệu công bố của Cục Chăn nuôi thì tổng khối lượng chất thải chăn nuôi khoảng 73 triệu tấn/năm từ gia súc gia cầm là một trong những nguồn gây ô nhiễm lớn nhất trong sản xuất nông nghiệp.
Hiện VN gần 9 triệu hộ chăn nuôi quy mô gia đình và khoảng 18 ngàn trang trại chăn nuôi tập trung nhưng chỉ có 8,7% hộ xây dựng hầm biogas và chỉ có 0,6% số hộ gia đình cam kết bảo vệ môi trường.
Bên cạnh đó, tình trạng sử dụng thuốc thú y, vắc-xin, phòng chống dịch bệnh không đúng kỹ thuật cũng gây tác hại đến môi trường. Nguồn chất thải rắn phát sinh từ sản xuất nông nghiệp đang ở mức báo động. Trong môi trường nuôi trồng thủy sản, 83% lượng thức ăn hòa lẫn trong môi trường nước gây ô nhiễm môi trường, là một trong những nguyên nhân khiến các loại thủy sản nuôi bị dịch bệnh.
Quyền Vụ trưởng Vụ Khoa học công nghệ và Môi trường, ông Lê Văn Bầm nhận định do có sự mâu thuẩn ngày càng lớn giữa phát triển kinh tế và bảo vệ môi trường, chỉ tập trung khai thác tài nguyên và canh tác mà ít cân nhắn đến mặt môi trường, phát triển bền vững, sẽ dẫn đến thu hẹp các vùng sản xuất nông nghiệp.