Hôm 10 tháng 10 năm 2020, sau cuộc họp tại trụ sở Chính phủ, Phó thủ tướng Vũ Đức Đam đã có kết luận về Trường Đại học Tôn Đức Thắng, theo truyền thông Nhà nước hôm 13 tháng 10.
Kết luận của ông Đam nêu rõ, trường ĐH Tôn Đức Thắng không có hội đồng trường và nhiều vị trí lãnh đạo, quản lý của trường không được kiện toàn theo quy định. Do đó, Bộ GD-ĐT và Tổng liên đoàn Lao động Việt Nam cần chỉ đạo trường khẩn trương hoàn thiện bộ máy tổ chức quản lý theo đúng quy định để đảm bảo và tạo điều kiện để trường tiếp tục phát triển.
Ông Đam giao Bộ GD-ĐT thành lập đoàn công tác do một Thứ trưởng Bộ GD-ĐT làm trưởng đoàn với sự tham gia của đại diện các cơ quan liên quan để rà soát việc thực hiện các quy định của Luật giáo dục đại học về thành lập hội đồng trường và kiện toàn các vị trí lãnh đạo, quản lý của trường, trên cơ sở đó có kết luận và hướng dẫn thực hiện cụ thể.
Đại học Tôn Đức Thắng là đại học công lập, đào tạo đại học, sau đại học và hoạt động khoa học công nghệ hoạt động theo hình thức tự chủ. Đây cũng là trường nằm trong danh sách 800 trường đại học xuất sắc nhất toàn thế giới năm 2020. Là trường đại học duy nhất của Việt Nam được vào bảng xếp hạng Academic Ranking for World Universities (ARWU) và được xếp ở Top 701-800.
Hiệu trưởng Trường ĐH Tôn Đức Thắng là ông Lê Vinh Danh bị đình chỉ chức vụ vào chiều 31 tháng 7 vừa qua do có một số sai phạm trong công tác.
Ngày 1 tháng 10, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Đắk Lắk ra quyết định khởi tố bị can và lệnh bắt tạm giam Tiến sĩ Phạm Đình Quý, giảng viên Trường ĐH Tôn Đức Thắng để điều tra về hành vi vu khống. Ông Quý là người đã có bài viết đăng trên báo nhà nước tố cáo Bí thư Đăk Lăk Bùi Văn Cường “đạo văn" luận án tiến sĩ. Bài báo này sau đó đã bị gỡ xuống và báo đăng bị phạt.