新年期間﹐日本的五十一間核電廠中有四間發生電腦問題，但當局聲稱只有一間核電廠的電腦問題與千年蟲有關，而且不構成危險。這間出事的工廠是位於本州北部青森縣的一間核廢料處理廠的控制及監察系統，在元旦出現"一九九九年一月一日"的字樣。雖然日本官員表示，這四間核電廠的輻射水平正常，而且它們都有後備輻射監察系統，不過事件還是令日本政府非常尷尬，因為在核電廠出事前，首相小淵惠三剛剛在電視上宣布日本沒有出現千年蟲問題。另外，美國三間分別位於賓夕法尼亞州、喬治亞州和北卡萊羅納州的私營核電廠曾在元月一日發生短路，但能源部長理查森聲稱，事件與千年蟲無關。
