教宗方濟各首次就中梵簽署主教任命臨時協議作出回應，強調教廷對主教人選有最終決定權，又承認協議將會為地下教會信眾帶來痛苦。香港榮休主教陳日君樞機質疑，中梵簽署臨時協議的背後，是梵蒂岡國務卿有政治野心，希望加快建交。而內地地下天主教徒則表示，無法理解教宗作出的決定。（劉少風 報道）
教宗方濟各結束愛沙尼亞訪問行程，周二（25日）乘坐專機返回梵蒂岡，他在機上回應記者提出任命主教的問題時指，梵中上周簽署的臨時協議，是經過十年磋商才達成，強調中國教區主教的任命，最終決定權仍在教廷手上。
方濟各說：這是關於最終候選人的對話，我們透過對話來進行，但羅馬（教廷）會作出提名，教宗會作出任命，這點要說明。
對於有教徒批評簽署協議是出賣天主教會，方濟各稱理解不是所有人都明白協議背後的邏輯，但要明白每一個協商過程，雙方都會有損失和受苦。他承認協議會為地下天主教會的信眾帶來痛苦，他掛念抵抗和受苦的中國天主教徒，但對他們充滿信心，指臨時協議是由他簽署，他會負全責。
他又稱，梵中就任命主教簽署臨時協議，目的是消除梵蒂岡與中國數十年的隔閡，這份隔閡令到教廷內部分裂，他指已經去信中國天主教徒作出鼓勵，希望他們的傷痛早日癒合，並呼籲中國的天主教徒拋開分歧，開展信仰新一頁。
一直反對中梵建交的天主教香港教區榮休主教陳日君樞機，隨後舉行記者會回應，他指中梵雙方都沒有交代臨時協議的具體內容，令人失望及很不放心，擔心中國政府只會選出信任的主教人選，整個過程會由當局決定，加上中梵簽訂協議只是外交部的事，質疑梵蒂岡國務卿有政治野心，希望加快建交，他認為現時談建交對教會沒有好處。
陳日君說：教宗說這個協議是好事，當然從他（教宗）的角度看可能是件好事，在這個情況之下，都有這個協議都算一個進步，不過這個進步都是很小的進步，他（大陸當局）可能是騙你（教宗），明義上好像承認你是教宗，但也不讓你管，如果這個選主教的程序完全是他們（大陸當局）的控制之下，最後讓你（教宗）可以說一句，即給你機會可以反對，也不算大的事（權利）。
陳日君指，知道教宗很希望有機會探訪中國，曾當面向教宗說過，不會在中國見到受苦多年的地下教會，只會是官方的主教，教廷可能不明白內地教會的情況，他相信教宗不會是故意犯錯，會尊重教宗，不會公開批評他。
他又指，內地教會的主教及教友，數十年來不加入官方教會，多年來受苦，就是對梵蒂岡的忠誠。中梵簽定的協議令地下教會擔心會被迫加入官方教會。
有內地地下教會的教徒向本台表示，對教宗不抱太大希望，認為教宗無法理解地下教會信徒所面對的問題，與中國簽訂臨時協議是錯誤的決定，亦沒有考慮他們的感受。
教徒說：我認為我們教宗在這個問題上，對我們來說確實是無法理解和接受的，這種錯誤的決定，本身就是對天主的背叛，教宗作為一個羅馬天主教的代表，按照我們羅馬天主教的教義，他（教宗）是代表正義的，但是他這種決定沒有考慮到我們中國天主教徒的感受。
中梵上周六（22日）簽訂臨時協議，但一直沒有公開內容，教廷指教宗已重新接納，由中國天主教愛國會任命的八名主教，包括一名去年去世的主教，教廷強調協議是為了牧靈，不涉及政治。
梵蒂岡是台灣目前17個邦交國中唯一的歐洲國家，台灣與梵蒂岡口徑一致，指協議不涉政治和外交，教廷亦有向台方重申，協議不影響台梵關係和交流合作，台方正計劃下月中旬組團到梵蒂岡，參加保祿六世封聖典禮。
中國現有1200萬名天主教徒，一直分為官方和地下教會兩大類，前者包括中國天主教愛國會、中國天主教主教團等官方組織的教徒，而地下天主教會，則視羅馬教廷才是正宗。