香港特區政府歡迎全國人大常委的決定，認為為一地兩檢立下堅實的法律基礎，外界也不用太擔心日後會再有類似安排，但拒絕承諾只此一次。民主派批評，一地兩檢方案已經令港人治港、高度自治崩潰。（林國立 報道）
行政長官林鄭月娥、律政司司長袁國強、運輸及房屋局局長陳帆，在人大通過一地兩檢決議案後召開記者會，歡迎人大決定，認為為一地兩檢安排定下堅實的法律基礎，令高鐵香港段能發揮最大效益。
袁國強表示，特區政府和大陸曾反覆研究不同建議，包括引用基本法第20條，讓中央授權香港落實一地兩檢，但最終人大常委決定用今次方式處理，人大常委作為國家最高權力機構，在憲制上以更高層次處理問題，避免日後引發爭議，他又表示明白外界對一地兩檢安排有憂慮，強調今次是特定的交通安排，不會隨意在香港其他地區實施。
袁國強說︰會不會在旺角或其他地方實施，今次我們行的一地兩檢，是一個在獨特情況下去做這件事，而一地兩檢要行三步走，換言之需要內地相關部門願意配合，亦需要全國人大常委批准，更需要最後一步，在香港進行本地立法，要經過的關卡不少，不會說明日或後天就可以隨意在香港其他的部份，採取同樣的措施。
林鄭月娥表示，一地兩檢安排，不是有些人說的割地，而是一件大好事，所以不能承諾只此一次下不為例。
林鄭月娥說︰下不為例的形容，一般都是適用於一些較負面的是，你做錯了下次不要，但今天這件事是一件好事，甚至是一件大好事，除非你手上有個水晶球，知道以後都沒有甚麼好事發生，否則從一個進步發展的角度來看，同樣有一件大好事，而中央亦願意用很多方法來協助我們玉成這件好事，為何要在今天說死了呢。
民主派一地兩檢關注組召集人陳淑莊批評，一地兩檢安排已經超越了一地兩檢，人大常委的決定，凌駕了基本法對港人的保障，包括基本法第18條，即大陸法律不在香港實施的保障。
陳淑莊說︰李飛還沾沾自喜說，是一言九鼎，還有不容質疑，其實可以講今次人大常委會的決定是一言喪港，大家看到的是已經超過一地兩檢，中央政府在香港實施全面管治權。以前說港人治港、高度自治，今日是常委治港、零度自治。
有份投票通過決議的全國人大常委范徐麗泰在北京表示，一地兩檢安排已經回應了反對派提出的質疑，因為一地兩檢只是在西九高鐵站其中一部份實施，針對的只是高鐵乘客，所以與《基本法》第18條無關。
范徐麗泰說︰我們現在說的是一個內地口岸區，是一個較小的地方，絕對不是香港全部地方，第二、實施的對象只是要坐高鐵進去內地的人，也就是來往人士，而不是所有人都實施，所以基本法第18條不適用。
陳淑莊和范徐麗泰都認為，由於香港法院要執行人大常委會的決定，即使有市民想司法覆核挑戰一地兩檢安排，本港法院都未必能處理。