台灣當局對大陸民航局啟用M503南向北等相關航線表示極度不滿。台灣民航局批評大陸，單方面啟用新航線罔顧飛航安全。陸委會立即提出抗議，認為大陸刻意以民航包裝，掩飾對台灣政治、軍事的不當企圖。（文宇晴 報道）
就大陸啟用M503北上航線與相關銜接航線的情況，台灣的總統蔡英文周五（5日）在社交網站上表示，穩定的兩岸關係對區域的安定至關重要，大陸近期頻繁的軍事活動，以及啟用M503航線等單方面作為，無助區域穩定，實應避免。台灣將持續維護現狀，也呼籲各方共同攜手努力。
台灣交通部民用航空局局長林國顯批評大陸未遵守雙方早前共識，片面啟用由南向北飛航的四條航路。
林國顯說︰要盡量來避免雙方在未經協商之前，要是有不預期的狀態。不預期的狀態不止只有天氣氣候，航機在運行時很多時候會碰到狀況，還要作出處理。我相信就跟開車一樣，沒有車和有車在旁邊的壓力是不一樣的，你要提比較高的注意力，因為他可能有靠近你的動作或是遠離。同樣，在空中的接近更為敏感。
台方指已發函通知八十家航空公司不要申請這些航線。但至周五（5日）上午11時，仍然有四家航空公司共六架次的航班經M503北上航線及相關銜接航線飛行。
大陸民航局周四（4日）表示，由於海峽西岸空域航班快速增長，延誤日趨嚴重，因而即日起啟用M503南向北等四條相關銜接航線。民航局指出，該航線為民航航線，大陸空管部門與台灣方面會保持技術性溝通。又強調該航線在設計時已經避開金門、馬祖往返台灣航線，能夠確保飛航安全。
香港民航處前處長樂鞏南表示，儘管新啟用的航線有重疊，但是由於飛行航線的高度不一樣，因而不會容易出現台灣擔心的碰撞危機。
樂鞏南說︰南向和北向的航線飛的高度是不同的，台灣方面認為會引起碰撞危機的金門、馬祖航線飛的高度很低。現在大陸啟用的南向北航線（是國際航線）飛的高度很高的，因而是沒有問題的。
本身是民航機師的香港立法會議員譚文豪指出，基於目前大陸航空交通的情況，開通新的航線是有需要的。不過這次啟用的包括M503等四條新航線，似乎安全不是最主要的問題，而是會影響到台灣防空部署。
譚文豪說︰其實大陸是連消帶打的做法，藉著啟用新航線，往海峽中線移近多一點。與金門、馬祖航道接近重疊，對於台灣來說當然有擔憂，原則上這航道不應有其他飛機經過，若台灣要做空防部署，我相信是有一定的難度。
台灣陸委會在周四下午亦召開記者會提出抗議，主委張小月批評大陸用民航包裝，對台灣的政治，乃至於軍事等不當的企圖；也罔顧飛行安全，不尊重台灣。
張小月說︰也有改變台海現狀的疑慮，我們已經要求對岸必須立即停止相關飛行行動。如果陸方一意孤行，將必須承擔任何影響兩岸關係的嚴重後果。
台灣國防部堅決反對大陸使用M503航線，指該航線距海峽中線僅7.8公里，因而若凡侵入海峽中線以東區域，威脅台灣空防安全者，台灣軍方必須予以攔截、警告與驅離。
大陸國台辦發言人馬曉光周四晚（4日）回應指，M503航線位於上海飛行情報區內，設立和啟用該航線是大陸民航空域管理的一項常規工作，並得到國際民航組織批准。他指出，此事毋須與台灣溝通，又認為台灣不要藉機做文章，干擾或破壞兩岸關係。
國際慣例是航班飛行時遇緊急情況時一律向右偏航，大陸於2015年1月曾發佈M503、W121、W122及W123等新航路的飛航公告時，因該等航路距海峽中線甚近或與台灣的金門、馬祖航路可能相互干擾。經兩岸溝通協調後，雙方達成共識現階段不啟用、不實施，何時啟用會經雙方溝通確認。