菲律賓總統杜特爾特上任後，與美國的關係未見改善；綜合媒體周四（24日）報道，菲律賓武裝部隊總參謀長，與到訪的美軍太平洋司令部司令周二（22）舉行會談，達成明年的軍事活動協議，同意縮減聯合軍演規模，未來的軍演會集中在救災、反恐及人道救援上，而明年將停止“戰備與訓練合作“和“兩棲登陸演習的演練，但仍與美軍有258次聯合訓練，包括只有數名士兵參加的小型訓練，比今年減少5次。
至於菲美軍方2014年簽訂“加強國防合作協議”，菲律賓軍方指兩軍會維持有關協議，但會減少駐守菲律賓的美軍戰機及士兵數目。
另外，美國早前停止向菲律賓出售槍械，菲律賓總統杜特爾特出席亞太經合組織會議後回國表示，俄羅斯總統普京已表明可向菲律賓出售步槍，而且菲律賓亦可向中國購買軍備。