周二（13日）公布的國務院機構改革方案，建議組建或合併多個部門，但一度流傳的港澳辦和國台辦合併建議，在改革方案中沒有提出。
方案提出將國務院正部級機構減少八個，副部級機構減少七個，國務院將設置26個部門。
方案提出取消國家衞生和計劃生育委員會，並不再設立國務院深化醫藥衞生體制改革領導小組，改為組建國家衞生健康委員會。
以及取消國土資源部、國家海洋局、國家測繪地理信息局，重新組建成自然資源部。
並新設立生態環境部，取消原有的環境保護部等多個部門。
方案同時建議，將司法部和國務院法制辦的職責整合，重新組建司法部，負責法律和行政法規草案起草、立法協調等工作。
方案又建議調整多個國務院直屬機構，為加強新聞輿論工作。
另外，全國人大法律委員會改名為「憲法和法律委員會」，由香港基本法委員會主任李飛接替喬曉陽擔任主任委員。